Styčná kancelária SR pre výskum a vývoj v Bruseli
COVID-19: Využitie európskych superpočítačov pri hľadaní liečby koronavírusu
Aktualita
Európska komisia poskytla podporu oblasti špičkovej európskej vysokovýkonnej výpočtovej techniky (superpočítačov) s cieľom pomôcť pri hľadaní vhodnej liečby nového koronavírusu.
Na projekte Exscalate4CoV sa v súčasnosti zúčastňujú tri popredné európske superpočítačové centrá, konkrétne tie so sídlom v Bologni, Barcelone a v nemeckom Jülichu. Spolupracujú v ňom spoločne s jednou farmaceutickou spoločnosťou a niekoľkými veľkými biologickými a biochemickými inštitútmi.
Projekt bol zahájený po mimoriadnej výzve vyhlásenej Európskou komisiou dňa 31. januára 2020, pričom na účel vývoja vakcíny, liečby a diagnostiky proti ochoreniu COVID-19 boli získané finančné prostriedky vo výške 3 milióny EUR. Projekt je tak zároveň súčasťou koordinovanej európskej reakcie na COVID-19, ktorej cieľom je pracovať na konkrétnej platforme pre nájdenie lieku, ktorý sa v budúcnosti použije na liečbu ochorenia.
Podpora EÚ tomuto projektu posilnila prácu so superpočítačmi v oblasti výskumu možnej liečby ochorenia COVID-19, a to doplnením klasického klinického prístupu „pokus – omyl“, s možným experimentovaním na pacientoch o nové techniky. Superpočítače totiž dokážu porovnávať proteínu koronavírusu s molekulami, ktoré sú uložené v súčasných databázach. Projekt Excalate4CoV v súčasnosti spracováva digitálne modely proteínu koronavírusu a hľadá zhody v databáze tisícok už existujúcich liekov s cieľom zistiť, ktoré kombinácie aktívnych molekúl by mohli byť účinné pri liečbe koronavírusu.
Platforma Exscalate je jedným z výsledkov projektu financovaného EÚ – Antarex. Ide o plne funkčný projekt koordinovaný spoločnosťou Dompé SpA v talianskom superpočítačovom centre CINECA. Analyzuje proteín koronavírusu na základe údajov dostupných od vedeckej komunity s cieľom urýchliť hľadanie účinnej liečby proti koronavírusu.
Komisia tiež vytvára rámec spolupráce s ministerstvom energetiky USA, ktorého cieľom je vytvoriť tím výskumných pracovníkov z EÚ a USA, ktorí budú spolupracovať okrem iného pri zdieľaní údajov a modelovaní šírenia koronavírusu pomocou superpočítačov.
Ďalšie projekty z oblasti superpočítačov financované EÚ posilňujúce úsilie o spoluprácu v oblasti výskumu s partnermi z USA sú CompBioMed, ktorý spolupracuje na pokročilých výpočtových metódach založených na fyzike s cieľom študovať účinok zlúčenín na koronavírus a BioExcel, ktorý zriadil spoločný archív údajov komunity pre okamžitý prístup.
Ďalším príkladom úsilia EÚ v oblasti superpočítačov je Európske partnerstvo pre vyspelú výpočtovú techniku v Európe (PRACE), ktoré vyhlásilo dňa 24. marca výzvu na predkladanie návrhov projektov. Viac o nej sa dočítate v našom článku tu.
Viac informácií: